Ausgrabungen am Hattlenbuck (Trüllikon) und Schlossberg (Rudolfingen) bezeugen, dass das Gemeindegebiet spätestens zur Bronzezeit besiedelt war. Aus römischer Zeit sind Gutshöfe am Cholfirst und Wachttürme am Rhein nachgewiesen worden. Nach dem endgültigen Rückzug der Römer im Jahre 454, wurde unsere Gegend von den Allemannen besiedelt.
Die Ortsbezeichnung Trüllikon geht zurück auf die Siedlung der Leute des Trullo; Rudolfingen: Siedlung der Leute des Rudolf. Wildensbuch gilt als fränkische Siedlung und stammt von Buchenwald des Willigis. Aus dem Jahr 858 stammt die erste urkundliche Erwähnung unserer Dörfer: das Kloster Rheinau erhielt vom allemannischen Edelmann Wolvene Grundbesitz in Trullinchova, Ruadolvinga und Willigisespuoh. Während Trüllikon und Wildensbuch beim Kloster Rheinau blieben, wurde Rudolfingen später an die Abtei Reichenau und dann ans Kloster Sankt Katharinental veräussert, wobei Rudolfingen aber bis 1798 eine eigene Gerichtsherrschaft bildete.
In Trüllikon gelangte die Gerichtsherrschaft 1662 an die Zürcher Familie Bürkli, die im “Schloss” ihre Residenz hatte. Mit der Übernahme der Grafschaft Kyburg durch die Stadt Zürich im Jahr 1452 ging die hohe Gerichtsbarkeit über Trüllikon ebenfalls nach Zürich. Die Gemeinde Trüllikon gehörte bis 1798 zum Ausseramt der Landvogtei Kyburg.
Während der Helvetik und Mediationszeit wechselte die Einteilung Trüllikons vom Distrikt Benken zum Bezirk Winterthur und 1831 zum Bezirk Andelfingen.
Nebst Trüllikon, Rudolfingen und Wildensbuch gehörte auch noch Truttikon zur politischen Gemeinde Trüllikon. 1878 gelangte Truttikon aber durch eine Volksabstimmung wieder in den Rang einer selbstständigen Gemeinde. Unverändert blieb das Kirchengebiet, nach wie vor bilden Trüllikon und Truttikon zusammen eine evangelisch-reformierte Kirchgemeinde.
Im Zuge der Umsetzung der neuen Kantonsverfassung des Kantons Zürich von 2005 wurden die bisherigen Zivilgemeinden Rudolfingen (2007), Trüllikon (2009) und Wildensbuch (2009) in die Politische Gemeinde Trüllikon integriert.
Quelle truellikon.ch