Zum ersten Mal wurde der Name „Faffinchova“ (Hof des Pfaffen) erwähnt im Zusammenhang mit einer Schenkungsurkunde, welche im Jahr 811 n. Chr. im Vorraum der Kirche unterzeichnet worden war. Erste Häuser standen im Kehr und im Platz rund um die Kirche. Während des Mittelalters gab es verschiedenen Grundbesitz, in erster Linie hatten die Herren von Breitenlandenberg das Sagen, welche am Seeufer eine Burg hatten.
Aber auch die Grafen von Kyburg machten ihren Einfluss geltend und stellten ab Mitte 13. Jahrhundert den Landvogt. Bis 1670 war in Pfäffikon die Landschreiberei des Kyburger Vogtes. Ab 1424 gehörte Pfäffikon zum zürcherischen Staatsverband. Der Salzhandel spielte eine entscheidende Rolle, Pfäffikon erhielt das Marktrecht. Nach den Wirren und der Auflösung der alten Ordnung in der Revolutionszeit um 1800 entstanden Verfassung und Gesetze für das politische und das wirtschaftliche Leben, für Schule und Kirche. Pfäffikon ist seit 1832 Bezirkshauptort und spielte im Züriputsch 1839 eine entscheidende Rolle, als sich der radikalen Regierung die konservative Landbevölkerung unter Pfarrer Hirzel entgegenstellte.
Im 19. Jhd. entstanden bedeutende Pfäffiker Unternehmen in der Textilindustrie. Mit dem Ausbau des Strassennetzes und dem Anschluss ans Bahnnetz 1876 wurde Pfäffikon Teil vom aufstrebenden Markt, von Handel und Gewerbe. Zu Beginn des 20. Jhds. wandelte sich das Dorf vom einstigen Kleingewerbe-, Markt- und Bauerndorf zum Industriedorf mit bedeutenden Unternehmen.
Im letzten Viertel des 20. Jhds. führten die Konzentrationen im Industrie- und Dienstleistungssektor, die schnellen technischen Fortschritte und damit die Veränderungen in der Arbeitswelt zu einem markanten Verkehrsaufkommen. Der Ausbau des öffentlichen Verkehrs brachte Pfäffikon näher zur Stadt und damit stieg die Attraktivität des Wohnortes – Wohnen auf dem Land, Arbeiten in der Stadt, das Dorf wird zur Stadt.
