Zur Gemeinde Seegräben gehören die Dorfteile Seegräben, Aathal, Ottenhausen ZH, Steinberg, Aretshalden, Wagenburg und Sack. Sie liegt unmittelbar am südwestlichen Ende des Pfäffikersees in einer sanfthügeligen Landschaft.
Am Seeufer entlang erstrecken sich einige grosse Riedgebiete, welche zum national geschützten Naherholungsgebiet rund um den See gehören.
Die Topographie ist geprägt durch die Moränen des Linthgletschers, welcher sich während der letzten Eiszeit über das Gebiet erstreckte. Der Aabach durchfliesst ein Tal, an dessen steilen Flanken sich die typische Nagelfluh (Aathalschotter) zeigt. Darin finden sich zahlreiche kleinere und grössere Grotten. Die grösste davon, die sogenannte Franzosenhöhle, ist ca. 15 Meter lang und bis zu 2 Meter hoch.