In römischer Zeit lag in der Steinmöri unterhalb des Friedhofs an der Sattleracher- und Aspacherstrasse ein römischer Gutshof, der heute überbaut ist.
Bei den Ausgrabungen entdeckte man 1986 in einem Bronzegefäss
einen Münzhort mit 1243 römischen Silbermünzen aus den Jahren 197-265 n. Chr.
Die erste urkundliche Erwähnung Neftenbachs erfolgte 1209,
als ein Leutpriester von „Neftimbach“ bei einem Rechtsgeschäft mitwirkte.
Der Keller des Frohhofs in Neftenbach deutet immer noch auf einen Wohnturm hin, der dort stand.
Er gehörte wohl dem Ministerialiengeschlechts «von Neftenbach»,
das 1267 erstmals urkundlich erwähnt wurde und zu dieser Zeit wohl Gefolgsleute der Kyburger waren.
Das Geschlecht selbst kann verschiedener Orts bis 1468 nachgewiesen werden.
Das Gebiet gehörte später den Freiherren von Wart,
deren Wappen seit 1921 das offizielle Gemeindewappen ist. I
m Mai 1799 kam es beim Dorf im Rahmen des Gefechts
bei Winterthur zu einem Zusammenstoss zwischen Franzosen und Österreichern,
an das noch eine verirrte Kugel im Chor der Kirche erinnert.
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