Die älteste erhaltene urkundliche Erwähnung datiert aus dem Jahr 745 .
Funde aus der Steinzeit, sowie Grabbeilagen
aus der Bronze- und Eisenzeit bei Bisikon und Luckhausen
deuten von einer frühen Besiedelung.
Umfangreicher sind hier die Funde aus dem frühen Mittelalter;
darunter ist auch die Grabhügelnekropole
im Studenbrunnenholz unterhalb von Ottikon,
welche 1928/29 wissenschaftlich untersucht
und als Grabstätte der Grosseltern von Beata Landolt
(einer adeligen Grundherrin) gedeutet wurden.
Schenkungsurkunden aus dem 8. Jahrhundert an das Kloster St. Gallen,
deuten darauf hin, dass Illnau-Effretikon schon weitgehend
durch die Alemannen erschlossen war.
Mit dem Bau des Bahnhofs im Jahr 1855 begann der Aufschwung Effretikons
und führte 1974 zur Namensänderung in Stadt Illnau-Effretikon.
In der zweiten Hälfte des 20. Jh. wurde der Bahnhof Effretikon
durch Architekt Max Vogt neu gebaut.
Am 24. November 2013
sprachen sich 74,88 Prozent der Stimmberechtigten von Kyburg
für die Aufnahme von Fusionsverhandlungen mit Illnau-Effretikon aus.
Der Regierungsrat des Kantons Zürich begrüsste die Pläne zur Gemeindefusion
und stellte eine Subvention von 1.9 Millionen Franken in Aussicht
(vor allem um einen Teil der Schulden von Kyburg zu tilgen).
In der Volksabstimmung vom 14. Juni 2015
wurde die Fusion sowohl in Kyburg als auch in Illnau-Effretikon klar angenommen.
Der Zusammenschluss wurde per 1. Januar 2016 offiziell vollzogen.
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