Das erste Zeugnis der Besiedlung des Gemeindegebietes stammt aus einer Urkunde, die auf das Jahr 1270 datiert ist. Erwähnt werden sechs dem Zisterzienserkloster Wettingen gehörende Höfe im heutigen Gemeindegebiet von Schönenberg, das damals zum Herrschaftsbereich der Freiherren von Wädenswil gehörte. 1287 verkaufte der letzte Freiherr Rudolf III. mangels Nachkommen die Herrschaft Wädenswil (heutige Gemeinden Schönenberg, Wädenswil, Richterswil, Hütten und Uetikon am See und einen Teil von Hirzel) an das Ritterhaus Bubikon. Nach der Reformation verkauften die Johanniter 1549 die Herrschaft Wädenswil (darunter die heutige Gemeinde Schönenberg) mit allen Rechten an Zürich. 1701 baute die Regierung auf Geissferen (damaliger Name des jetzigen Dorfkerns) eine reformierte Kirche, ein Pfarrhaus und einen befestigten Kirchhof Daraus entwickelte sich ab 1703 die eigene Kirchgemeinde Schönenberg.
Schönenberg machte sich durch den Auskauf aus dem Wädenswiler Armen- und Batzengut (1784) und aus dem Auskauf aus dem Wädenswiler Gemeindegut (1811/1813) finanziell selbständig. 1823/1824 wurde neben der Kirche ein Schulhaus gebaut, 1836 folgte die Sekundarschule. Schönenberg wurde mit einer Postkutschenverbindung nach Wädenswil (1871) und später mit dem Postauto (1922) erschlossen. Das Gemeindehaus wurde 1948 eingeweiht und seither die Infrastruktur der Gemeinde ausgebaut: 1950 wurde auf dem «Humbel» ein Schulhaus mit Turnhalle errichtet, 1953/1954 in der «Matte» eine Kläranlage gebaut, 1958 ein Altersheim in der «Stollenweid» eröffnet und 1977 eine weitere Kläranlage (im unteren «Mittelberg») in Betrieb genommen. In jüngster Geschichte wurde das Gemeindehaus umgebaut (1996/1997), das Altersheim «Stollenweid» erweitert (1997–99) und ein Schulpavillon eingerichtet (2001).
Am 21. Mai 2017 wurde ebenso wie in Hütten in einer Volksabstimmung die Fusion mit Wädenswil per 1. Januar 2018 beschlossen.Aufgrund von weitergezogenen Einsprachen gegen die beschlossene Fusion, wird sich deren Vollzug voraussichtlich um ein Jahr, auf den 1. Januar 2019, verschoben.
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