Der älteste Zeuge der Oberembracher Geschichte ist der Rötelstein, ein riesiger Findling, der in der letzten Eiszeit vor rund 120’000 Jahren vom Walensee-Linth-Rheingletscher nach Oberembrach verfrachtet wurde.
Die wahrscheinlich ersten Zeichen einer Besiedlung auf Oberembracher Boden gehen auf die Hallstattzeit von 800 – 500 vor Christus zurück. Es handelt sich um eine – leider schon früher geplünderte – Grabstätte aus dieser älteren Eisenzeit im Raum des heutigen Weilers “Bühlhof”. Die nächsten Funde stammen aus der Zeit der römischen Besiedlung im Raum Zürich. In “Steinmüri”, nahe der römischen Strasse von Zürich nach Winterthur stand einst ein römisches Landgut, dessen restliche Mauern offenbar dem Weiler “Steinmüri” im Mittelalter den entsprechenden Namen gegeben haben.
Die Allemannen, welche nach den Römern unsern Landstrich bewirtschaftet haben, hinterliessen ihre Erbschaft vor allem in der Form von Ortsnamen. So gehen zweifelsfrei die Namen der Weiler “Madlikon” und “Stürzikon” auf die Allemannen zurück.
Im 14./15. Jhd. führte der wirtschaftliche Niedergang des Adels dazu, dass die Heidegger Teil des Besitzes im Bereich der Wagenburg verkaufen mussten. Der grösste Teil der Güter ging dabei an den damaligen Zürcher Bürgermeister von Meiss. Mit dem Brand der Wagenburg im Jahre 1556 endet die Geschichte dieser einst stolzen Burg. Die einzigen Zeugen derselben sind einige übriggebliebene Mauerreste sowie ein schönes, aber idealisiertes Bild des berühmten romantischen Malers Bullinger im heutigen Gemeindehaus.